(1) Vakfın organları Mütevelli Heyeti, Yönetim Kurulu ve Denetim Kurulu ile danışma organı olan Bilim Kuruludur. (2) Mütevelli Heyeti Vakfın karar organıdır ve on bir üyeden oluşur. Kültür ve Turizm Bakanı, Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğünün bağlı olduğu Bakan Yardımcısı, Dışişleri Bakanlığının Yurtdışı Tanıtım ve Kültürel İşler Genel Müdürlüğünün bağlı olduğu Bakan Yardımcısı, Türk Tarih Kurumu Başkanı, Gaziantep Büyükşehir Belediye Başkanı ve Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürü, Mütevelli Heyetinin tabii üyeleridir. Cumhurbaşkanlığı Kültür ve Sanat Politikaları Kurulu üyeleri arasından Kurul tarafından belirlenen bir üye, arkeoloji ve kültür alanlarında yatırım ve faaliyetleriyle öne çıkmış gerçek ve tüzel kişilerden iki üye ile Vakfın faaliyet alanlarındaki çalışmalarıyla temayüz etmiş iki öğretim üyesi Bakanlık tarafından üç yıllığına üye olarak atanır. Mütevelli Heyeti Başkanı Kültür ve Turizm Bakanı olup katılmadığı toplantılara Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğünün bağlı olduğu Bakan Yardımcısı başkanlık eder. Süresi dolan üye tekrar atanabilir. Bakanlık tarafından belirlenen üyelerden toplantılara katılmadığı gerekçesiyle Mütevelli Heyeti kararı ile üyelikleri sonlandırılan veya ölüm, istifa, sürenin dolması veya başka sebeple üyeliği sona erenlerin yerine, kalan görev süresi için Bakanlık tarafından bir ay içerisinde yeni üye atanır. Mütevelli Heyeti, Vakıf resmî senedinde değişiklik yapmaya yetkilidir. (3) Yönetim Kurulu, Vakfın icra organı olup Vakfı temsil yetkisini haizdir ve yedi üyeden oluşur. Yönetim Kurulu Başkanı Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğünün bağlı olduğu Bakan Yardımcısı olup; diğer üyeleri, Vakfın faaliyet alanlarında en az on yıllık deneyime sahip en az dört yıllık fakülte mezunlarından Mütevelli Heyetince üç yıllığına atanacak beş üye ile tabii üye olarak Enstitü Başkanından oluşur. Süresi dolan üye yeniden atanabilir. Mütevelli Heyetince atanan üyelerden toplantılara katılmayan veya ölüm, istifa, sürenin dolması ya da başka sebeple Yönetim Kurulu üyeliği sona erenlerin yerine, kalan görev süresi için Mütevelli Heyeti tarafından bir ay içerisinde yeni üye atanır. Yönetim Kurulu ayda en az bir kere toplanır. (4) Yükseköğretim kurumlarının akademik kadrolarından Yönetim Kurulu üyeliğine seçilenler hakkında 4/11/1981 tarihli ve 2547 sayılı Yükseköğretim Kanununun 38 inci maddesinin ikinci fıkrası hükmü uygulanır. (5) Denetim Kurulu, Mütevelli Heyeti tarafından üç yıllığına atanan üç asıl ve iki yedek üyeden oluşur. Denetim Kurulu, Mütevelli Heyeti adına Vakfın faaliyet ve hesaplarını denetler. Mütevelli Heyeti gerekli gördüğü hâllerde Yönetim Kurulu tarafından önerilen üç bağımsız denetim kuruluşundan birine denetim yaptırılmasına karar verebilir. (6) Bilim Kurulu, Vakfın danışma organıdır. Bilim Kurulu üyeleri, arkeoloji ve kültürel miras alanında ve ilişkili diğer bilim alanlarında temayüz etmiş, Vakfın amaçları doğrultusunda çalışmalar gerçekleştirmiş Türk ve yabancı bilim insanları arasından Yönetim Kurulunca beş yıllığına seçilir. En fazla elli kişiden oluşacak Bilim Kurulunda yabancı üyelerin sayısı toplam üye sayısının beşte birinden fazla olamaz. (7) Vakıf tarafından yurt dışında arkeolojik kazıların yapıldığı yerlerde, kazı süresiyle sınırlı olmak üzere Mütevelli Heyeti kararı ile geçici temsilcilikler açılabilir. (8) Mütevelli Heyeti, Yönetim Kurulu ve Denetim Kurulu ile Bilim Kurulunun görev ve yetkileri ile çalışma, toplanma ve karar alma usul ve esasları Vakıf senedinde gösterilir. Enstitünün çalışma usul ve esasları Yönetim Kurulunun teklifi üzerine Mütevelli Heyeti tarafından belirlenir, Enstitü Başkanı Mütevelli Heyeti tarafından atanır. (9) Vakıf senedi ile oluşturulacak birimlerde görev alacak yönetici ve personele kamu kurum ve kuruluşları dışından görevlendirilenlerle sınırlı olmak üzere ödenecek ücretler ve harcırahlar Mütevelli Heyeti tarafından belirlenir. Vakfın organlarında, Vakıf senediyle oluşturulacak birimlerde ve Vakıf tarafından düzenlenecek toplantı, konferans gibi etkinliklerde kamu kurum ve kuruluşlarından görevlendirilenlere ödenecek harcırahlar ise tabi oldukları mevzuat hükümlerine göre belirlenir ve Vakıf bütçesinden ödenir. [1] (10) Yükseköğretim kurumları dışındaki kamu kurum ve kuruluşlarından görevlendirilenler hariç olmak üzere; Mütevelli Heyeti, Yönetim Kurulu ve Denetim Kurulu üyeleri ile Bilim Kurulu üyelerine (2000) gösterge rakamının memur aylık katsayısı ile çarpımı sonucunda bulunacak tutarda her toplantı için Vakıf bütçesinden huzur hakkı ödenir. Mütevelli Heyeti ve Yönetim Kurulu üyeleri için ayda dörtten, Denetim Kurulu ve Bilim Kurulu üyeleri için ise yılda ondan fazla toplantı için ödeme yapılmaz. Personel istihdamı