Esnaf ve sanatkârların sicillerinin, sağlıklı ve güvenli bir şekilde Bakanlık e-esnaf ve sanatkâr veri tabanında tutulması ve yayınlanmasını teminen ticaret davalarına bakan asliye hukuk mahkemeleri gözetiminde ve kurulu bulunduğu il idari sınırları içerisinde çalışmak üzere birlik bünyesinde ayrı bir birim olarak Esnaf ve Sanatkâr Sicil Müdürlüğü kurulur. Sicilin personel ücretleri ve diğer giderleri birlik tarafından karşılanır. Sicil işlemleri birlik yönetim kurulunun teklif edeceği aday veya adaylar arasından Bakanlık tarafından onaylanacak sicil müdürleri tarafından yürütülür. Sicil müdürlerinin en az ön lisans diplomasına sahip olmaları ve 657 sayılı Devlet Memurları Kanununun 48 inci maddesindeki genel şartları haiz bulunmaları gereklidir. Gerek görülmesi halinde en az lise mezunu olmak kaydı ile sicil müdürüne yardımcı olacak personelin ataması birlik yönetim kurulunca yapılır ve Bakanlığa bilgi verilir. Sicil müdürlerinin ve personelinin görevden alınmaları atanmalarındaki usule tabidir. Bakanlık, sicil müdürlerinin ve diğer sicil personelinin işlemlerini her zaman denetlemeye ve görevden alınmasını ilgili birlik yönetim kurulundan istemek de dahil olmak üzere gerekli tedbirleri almaya yetkilidir. Sicil müdürleri, sicil kayıtlarını mevzuata ve gerçeklere uygun olarak tutmak ve izlemekle görevli ve sorumludur. Sicil kayıtları üzerinde suç işledikleri belirlenen sicil teşkilatı personeli hakkında bu suçlarından ve diğer mevzuata aykırı işlemlerinden dolayı kamu görevlileri hakkındaki cezalar uygulanır. Türk Ticaret Kanununun, ticaret siciline ilişkin 26 ila 40 ıncı maddelerinin bu Kanuna aykırı olmayan hükümleri Esnaf ve Sanatkâr Sicil Müdürlüğü hakkında da uygulanır.