(Değişik: 23/5/1984 - 3009/5 md.) Yönetim Kurulu bir başkanla beş üyeden oluşur. Büyük Şehir Belediye Başkanı Yönetim Kurulunun başkanıdır. Belediye Başkanının bulunmaması halinde, Genel Müdür Yönetim Kuruluna başkanlık eder. Genel Müdür ile genel müdür yardımcılarından hizmette en eski olanı, hizmette eşitlik halinde yaşlı bulunan Yönetim Kurulunun tabii üyesidirler. Yönetim Kurulunun diğer üç üyesi İstanbul Büyük Şehir Belediye Başkanının teklifi ve Çevre ve Şehircilik Bakanının onayı ile atanır. [4] Yönetim Kuruluna atanan üyelerin hizmet süresi 3 yıldır. Süresi dolanlar yeniden atanabilirler. Bir üyeliğin herhangi bir sebeple boşalması halinde, yerine atananlar daha önceki üyenin süresini tamamlarlar. Yönetim Kuruluna atanacak olanların İSKİ'nin konusuna giren teknik işlerde, yöneticilikte veya işletmecilikte uzmanlaşmış bulunmaları ve uzmanlıklarına uygun yüksek öğrenim görmüş olmaları gerekir.